市水利和湖泊局设８个内设科室：
（一）办公室（财务科、行政审批办公室）。负责机关日常运转。承担信息、安全、保密、信访、档案、综治、政务公开、新闻宣传等工作。负责部门预算决算、内部审计工作。承担财务管理和资产管理工作。组织提出水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。负责组织行政审批工作。

（二）政策法规科（水政执法科）。起草地方性政策措施，研究拟订水利工作的政策措施并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承担行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨区域水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。

（三）政工科（机关党委办公室、离退休干部科）。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，指导水利行业人才队伍建设。负责机关和所属单位的党建、群团、精神文明创建、意识形态等工作。负责离退休干部工作。

（四）水资源水保科（节水科）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，承担跨区域跨流域水资源供需形势分析。指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配、水资源调度工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作。组织编制并发布水文水资源信息、情报预报和全市水资源公报。参与编制水功能区划，参与指导入河排污口设置管理工作。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核开发建设项目水土保持方案并监督实施。拟订节约用水政策措施，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。

（五）河湖长制工作科。贯彻落实中央和省关于推行河湖长制的精神，负责全面推行河湖长制的组织实施、综合协调、检查督办和日常考核。

（六）规划建设科（监督科、移民科）。　指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。拟订水利发展规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导洪水影响评价审批有关工作。组织实施水利建设投资计划，承担水利统计工作。承担水利科技工作。制定水利信息化发展规划并组织实施。承担水利移民管理和后期扶持工作，组织实施水利移民安置验收、监督评估等制度，审核水利工程移民安置规划，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定。

（七）河湖库科。指导河道堤防、水域及其岸线的管理、保护与综合利用。指导江河、河口的开发、治理与保护。指导河道水生态保护与修复工作。指导河道堤防的运行管理与划界。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制。指导湖泊工程、水域及其岸线的管理、保护和综合利用，指导重要湖泊的治理、保护和开发。编制湖泊调度规程并监督实施，指导湖泊、水闸的运行管理与划界。指导湖泊水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。组织实施湖泊保护区和控制区内工程建设方案审查制度。指导湖泊工程和重要水闸除险加固工作。指导水库新建和除险加固工作。指导河道堤防除险加固工作。组织指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作。指导水库工程的管理、保护和综合利用。组织编制水库运行调度规程并监督实施，指导水库、水电站大坝的运行管理与划界。组织实施水库工程管理和保护范围内工程建设方案审查制度。

（八）水旱灾害防御科（农村水利水电科）。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设与管理工作，指导节水灌溉有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利社会化服务体系建设。